У самого имеется геймпад от Xbox и при нажатии клавиш у меня выскакивало меню с настройкой управления, кроме стиков.

Чтобы исправить это, надо:
1. Зайти в библиотеку steam и нажав ПКМ на игру зайти в "Свойства"

2. Выбрать в появившемся окне слева раздел "Контроллер"

3. Выбрав опцию "Исключения для Lego...." выбрать пункт "Включить систему ввода Steam" и нажать ОК.


После всех манипуляций у меня заработал геймпад без проблем.